โปรแกรมบัญชีออนไลน์ทำงานผ่านระบบคลาวด์ ซึ่งจำเป็นต้องเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ตตลอดเวลา หากกิจการตั้งอยู่ในพื้นที่ห่างไกล ไซต์งานก่อสร้าง หรือมีโครงสร้างพื้นฐานด้านอินเทอร์เน็ตที่ไม่ดี การทำงานจะสะดุด บันทึกข้อมูลไม่ได้ และไม่สามารถเรียกดูรายงานแบบเรียลไทม์ได้
โปรแกรมบัญชีออนไลน์ทั่วไปมักออกแบบมาเพื่อรองรับธุรกิจซื้อมาขายไป ธุรกิจบริการ หรือการผลิตขั้นพื้นฐาน หากเป็นธุรกิจที่มีการคำนวณต้นทุนการผลิต (Costing) ที่ละเอียดอ่อน มีการแปลงสภาพวัตถุดิบหลายขั้นตอน หรือต้องการระบบวางแผนทรัพยากรการผลิต (MRP - Material Requirements Planning) เชิงลึก โปรแกรมบัญชีออนไลน์มักจะรองรับไม่ไหว และเหมาะที่จะใช้ระบบ ERP (Enterprise Resource Planning) แบบเต็มรูปแบบมากกว่า
ธุรกิจบางประเภท เช่น หน่วยงานที่เกี่ยวกับความมั่นคง ธุรกิจที่มีความลับทางการค้าขั้นสูงสุด หรือองค์กรที่มีกฎระเบียบข้อบังคับทางกฎหมายที่เข้มงวดว่าห้ามนำข้อมูลออกนอกเซิร์ฟเวอร์ของบริษัทอย่างเด็ดขาด ธุรกิจเหล่านี้มักจำเป็นต้องลงทุนสร้างเซิร์ฟเวอร์แบบ On-Premise เป็นของตัวเอง แทนที่จะฝากข้อมูลสำคัญไว้บนคลาวด์ของผู้ให้บริการภายนอก
หากองค์กรใช้งานระบบปฏิบัติการเฉพาะทาง ระบบจัดการคลังสินค้า หรือระบบ POS รุ่นเก่าที่เก่าเกินกว่าจะเชื่อมต่อข้อมูล (Integration) ผ่าน API กับระบบภายนอกได้ การใช้โปรแกรมบัญชีออนไลน์จะกลายเป็นการเพิ่มภาระ เพราะพนักงานจะต้องมานั่งคีย์ข้อมูลซ้ำซ้อนด้วยมือ (Manual Data Entry) จากระบบหนึ่งไปสู่อีกระบบหนึ่ง ซึ่งขัดกับเป้าหมายในการทำงานแบบอัตโนมัติ
สำหรับผู้เริ่มต้นทำธุรกิจ ฟรีแลนซ์ หรือร้านค้าเล็กๆ ที่มีบิลเข้า-ออกเพียงไม่กี่ใบต่อเดือน หรือไม่มีความจำเป็นต้องนำส่งภาษีมูลค่าเพิ่มที่ซับซ้อน การจ่ายค่าบริการรายเดือนหรือรายปีสำหรับโปรแกรมบัญชีอาจเป็นการเพิ่มต้นทุนที่เกินความจำเป็น ซึ่งการใช้โปรแกรมสเปรดชีตธรรมดา (เช่น Excel หรือ Google Sheets) ก็อาจเพียงพอและประหยัดกว่ามาก
